Tento problém je nejenom častý, ale bývá také velmi závažný. A to zejména proto, že majitelé si častou všimnou, že je něco špatně, až ve chvíli, kdy je téměř pozdě. Morčata mají, stejně jako králíci, hypselodontní chrup, který roste v průběhu celého života zvířete a je tedy nutné, aby se neustále zkracoval obrušováním. S řezáky nebývá problém příliš často, většina majitelů totiž podává na okus těchto zubů alespoň speciální tyčinky nebo ovocné větvičky. Někteří ještě stále pro tyto účely používají tvrdé pečivo, které ale není pro morčata z výživového hlediska vhodné. Častěji problémy nastanou u stoliček. Ty se u morčat obrušují díky konzumaci objemného krmiva, v případě doma chovaných morčat zejména sena. Pokud ho má zvíře nedostatek, zuby se neobrušují dostatečně, přerůstají, bolestivě zraňují tváře či jazyk, zvíře žere čím dál tím méně, odmítá tvrdší krmení, je vybíravé a postupně chřadne.
Pododermatitis neboli zánět kůže na nohou je poměrně častým problémem, s kterým přicházejí majitelé morčat. Jedná se v prvopočátcích většinou o otlaky končetin způsobené nesprávnou podestýlkou nebo její nedostatečnou vrstvou, případně málo častým čištěním a výměnou podestýlky. Hrát roli může i nadváha zvířete. V pozdějších fázích dochází k poškození kůže, vzniku otevřené rány a prostupu infekce do hlubších vrstev tkání. Léčba tohoto onemocnění bývá zdlouhavá, nožky vyžadují časté převazy, zpočátku denně, později třeba obden, ale hojení často trvá i několik týdnů. Na začátku bývá nutné podávat zvířeti léky proti bolesti a také antibiotika.

Zamoření svrabem se může vyskytnout i u morčat chovaných striktně v domácích podmínkách. Nejprve se zvíře jen občas drbe, může docházet k řídnutí srsti a postupně až ke vzniku lysin. Řešením je ošetření zvířete antiparazitárními přípravky, v případě potřeby lze podráždění kůže zmírnit koupelemi. Cheylitis je odborný název pro zánětlivé onemocnění kůže a sliznice v blízkosti tlamičky zvířete. Projevuje se mokváním, vznikem bolestivých ranek až výskytem tvrdých krust v okolí tlamy. Terapii provádíme lokálním ošetřováním postižené tkáně desinfekčními roztoky a šetrným odstraňováním krust.
Nedostatek vitamínu C je u morčat poměrně častý, jelikož morčata si sama neumí vitamín C tvořit a jsou závislá na jeho příjmu z potravy, stejně jako lidé a ostatní primáti. Doporučená dávka pro dospělé morče je 5 mg/kg/den. Při onemocněních nebo v období rekonvalescence se ale tato potřeba výrazně zvyšuje, a to až na 30 mg/kg/den. Základem pro příjem dostatečného množství tohoto vitamínu by u morčete měla být pestrá strava s dostatečným množstvím zeleniny bohaté na vitamín C, například červená paprika, nať petržele nebo brokolice. Dalším zdrojem mohou být i různé byliny obsažené v seně, jednodruhové seno tedy není příliš vhodné.
Morčata jsou zvířata původem z plání jižní Ameriky, kde bývá vody poskrovnu, koupání je tudíž pro ně nepřirozené a tím pádem také nepříliš oblíbené. Krátkosrstá morčátka se nemusejí koupat vůbec - při zašpinění je stačí protřít vlhčeným ubrouskem pro štěňata či miminka a špína je pryč. Pokud je přece jen musíme vykoupat (např. před výstavou), snažíme se, aby procedura netrvala příliš dlouho a řídíme se pokyny pro dlouhány. Morčata plemen rex a US teddy koupeme, pokud je třeba, před výstavou s dostatečným předstihem (min. tři týdny), aby vodou a šampony změkčená srst nabyla původní kondice - pěkně „zdrátovatěla“.
Dalším řešením pro teddíky a rexe mohou být "suché" šampóny. Při koupení zacuchané srsti je vhodné rozčesávat srst kovovým hřebenem, používat kondicionéry a postupně rozčesat dredy. Rozčesávání zacuchané srsti je pro morče bolestivé; pokud je dred pevný, je lepší ho rovnou odstřihnout. Pokud je dred volnější a lze jej alespoň částečně zachránit, dred rozstřiháváme ve směru růstu. Při výstavách morče zlehka češeme každý den, aby srst vydržela bez zacuchání.

Spolehlivě myji skiníky pod tekoucí vodou. Skiníka držím v jedné ruce, přidržím ouška u hlavy, aby tam nenatekla voda a opláchnu ho. V druhé ruce mám vždy novou malou houbičku na nádobí a na té houbičce už rozmydlený šampon pro štěňata. Tou jemnou stranou houbičky lehce vydrbu skiníčka po celém těle a poté spláchnu. Celá procedura koupání trvá maximálně 2 minutky a skiník je po dokonalém opláchnutí osušen první plínkou. Pak druhou plínkou dosušíme, vytřeme ouška a morče jemně namažeme olivovým, kokosovým či jojobovým olejem. Morčátko tak zůstane čisté a hebké.
Pro stomatologické i kožní problémy platí pravidelné kontroly u odborníka. U skinníků se doporučuje mazání jen v případě potřeby a méně je více, protože nadměrné mazání může kůži zatížit. U tmavých drápků se provádí krátká a opatrná úprava, aby nedošlo k poranění. U morčat s citlivou kůží lze použít jemné mýdlo s jelenem. K hygieně patří čištění oušek a krácení drápků. Ouška čistíme jednou za týden roztokem Otifree a necháme morčátko zaklepat hlavou. Nikdy nečistíme zvukovod vatovými tyčinkami.

Morčata z našeho chovu se běžně dožívají 5-8 let. K udržení zdraví napomáhá pestrá strava, pravidelný úklid a dezinfekce ubikací, a včasná veterinární péče. Při komplikacích jako je zátka v zádové oblasti, otoku nebo bulka na zádech je vhodné navštívit veterináře. Při rezonující reprodukční problematice je důležité rozhodnutí o krytí a případném zákroku s ohledem na věk a zdravotní stav morčete.
Reprodukce a anatomie reprodukční soustavy u morčat
Reprodukční funkce u samiček zajišťuje produkci vajíček a poskytuje prostředí pro růst a vývoj plodu. VAJEČNÍKY (Ovaria) jsou párové žlázy, ve kterých se vyvíjejí vajíčka a kde se produkují pohlavní hormony. Dřevěná vazba mesovarium zajišťuje závěs vajíčníků. Vaječníky jsou popisovány jako orgány oválného tvaru. VEJCOVOD (Tuba uterina) je krátká trubice, která přivádí vajíčko od vaječníku do dělohy a slouží jako místo pro oplození vajíček spermiemi. DĚLOHA (Uterus) poskytuje prostor pro vývoj plodu a skládá se z těla, krčku a dvou rohů. Pochva, vulva a estrogény spolupracují na říji a porodu. Progesteron a gonadotropiny regulují menstruační cyklus, ovulaci a udržení březosti. Oxytocin spouští mléko a stahy dělohy během porodu.
Samičky jsou pohlavně zralé od 2 měsíců, samečci od 3 měsíců. Říje a krytí by mělo probíhat s ohledem na zdravotní stav a věk samičky. Březost trvá průměrně 65 dní, porody bývají relativně rychlé a děti se rodí hlavičkou napřed. Při více samicích ve stejném boxu je potřeba zvážit načasování porodů. Šíře pánevních kostí a fyziologické změny jsou důležité pro bezpečný porod. Po porodu se udržuje oxidativní stimulace mléka a je vhodné sledovat výživu a zdravotní stav mláďat.