Klinický exom se vyšetřuje metodou masivně paralelního sekvenování na platformě Illumina (NovaSeq Xplus) z celoexomových dat (WES) a to za použití virtuálních panelů. Vyšetření zahrnuje analýzu identifikující potencionálně kauzální varianty dle prioritizace závislé na fenotypu pro dané modely dědičnosti vyšetřované rodiny. Minimální hloubka sekvenování 30x je dosažena na >98 % cílových oblastí. Získaná data jsou analyzována vlastním vyvinutým bioinformatickým hodnocením, které zahrnuje mapování k referenční sekvenci genomu GRCh38, variant calling, anotaci aktuální verzí Ensembl a filtraci klinicky významných variant dle řady anotačních výstupů z populačních, klinických a predikčních databází. Každý z výše uvedených kroků je doplněn kontrolou kvality.
Clinické hodnocení a klasifikace variant
Intronové varianty jsou posuzovány pro vliv na sestřih pre-mRNA v rozsahu +/- 15bp od hranice exonu. Varianty v 5' a 3' UTR oblastech jsou reportovány v případě, kdy je v klinických databázích evidence o jejich patogenním dopadu. Reportovány jsou výsledky pouze u vzorků, které prošly bioinformatickou kontrolou kvality (např. phred score quality, hloubka sekvenování, uniformita pokrytí). Klinická interpretace nalezených genetických variant je prováděna odbornými pracovníky na základě obsahu indikace k vyšetření, revize relevantní vědecké literatury, externích databází, interní klinicko-genetické databáze a manuální inspekcí sekvenačních dat.
Veškerá dostupná evidence identifikovaných variant byla klasifikována dle Postupu interpretace variant MGL Gennet na základě IACR**** standardů, ACMG guidelines (PMID: 25741868) a specifikujících postupů (PMID: 28492532, doi: 10.1136/jmedgenet-2020-107248) a HGVS genetické nomenklatury. Status klinického významu databáze ClinVar je periodicky kontrolován s vydáním nové verze Ensembl. U pacientů, u kterých s vydáním nové verze databáze došlo ke změně klasifikace patogenicity (na class 4/5) již reportovaných variant, vydáváme aktualizovanou laboratorní zprávu.
Výsledky a následná prenatální diagnostika
Pokud screeningová vyšetření odhalí zvýšené riziko genetické vady nebo vývojové odchylky, je dalším krokem invazivní prenatální diagnostika. Vyšetření provádíme na klinikách Gennet v Praze a Liberci zkušenými specialisty pod nepřetržitou ultrazvukovou kontrolou. Invazivní prenatální diagnostika zahrnuje specializovaná vyšetření, která umožňují získat genetický materiál přímo z prostředí plodu. Vzorek se odebírá z plodové vody při amniocentéze, z placenty při odběru choriových klků a výjimečně z pupeční žíly při kordocentéze.
Amniocentéza je metoda invazivní prenatální diagnostiky a představuje výkon, kterým je získán vzorek plodové vody. Nejčastějším důvodem k jejímu provedení je genetické vyšetření plodu. Plodová voda totiž obsahuje buňky plodu, které jsou zdrojem jeho DNA. Tu je následně možné podrobit celé řadě genetických analýz a získat tak vysoce detailní informace o genetické výbavě plodu. Amniocentéza je krátký ambulantní výkon. Pod ultrazvukovou kontrolou se přes břišní stěnu těhotné ženy zavede do děložní dutiny tenká jehla, kterou se nasaje malé množství plodové vody. Odběr plodové vody je možné provádět od 15. týdne těhotenství. Nejvíce odběrů se provádí do 22. týdne. I při naprosto správném postupu může dojít ve výjimečných případech ke komplikacím. Těhotenská ztráta (potrat) v souvislosti s odběrem plodové vody je považována za nejobávanější komplikaci. Shrnující analýza řady studií ukázala, že odběr plodové vody lze považovat za bezpečný výkon a že zvýšení rizika těhotenské ztráty se pohybuje maximálně kolem 0,1 %.
Rizika a srovnání s NIPT
NIPT na rozdíl od amniocentézy nedokáže pokrýt kompletní spektrum genetických onemocnění, má nižší rozlišení pro průkaz delecí/duplikací a je nutné počítat s tím, že i přes mimořádně vysokou citlivost není jeho přesnost 100 %. Přestože jsou tyto vlastnosti NIPT pro řešení celé řady klinických situací zcela dostačující, existují stavy, kdy nedokáže poskytnout spolehlivou a kompletní odpověď. V takových případech lékař doporučí invazivní vyšetření. I přes správný postup může v souvislosti s odběrem plodové vody vzácně dojít ke komplikacím.
Praktické informace pro pacientky a pacienty
Pro rezervaci termínu nás kontaktujte telefonicky nebo prostřednictvím online formuláře. Milé maminky, vyšlo mi riziko Downova syndromu 1:200. Každý invazivní zákrok s sebou nese malé riziko komplikací, jako je slabé krvácení, odtok plodové vody nebo infekce. Pokud vám lékař doporučí invazivní prenatální vyšetření ze zdravotních důvodů, svěřte se do péče odborníků v Gennet. Toto je nejtěžší otázka a chceme vás ujistit, že na ni nebudete sama. Pokud se vada potvrdí, náš tým - specialista prenatální diagnostiky a klinický genetik - vám podrobně a citlivě vysvětlí podstatu nálezu a jeho dopady na budoucí život dítěte.
Amniocentéza se nejčastěji provádí od 16. týdne těhotenství, a to ambulantně pod ultrazvukovou kontrolou. Zákrok je spojen s rizikem porodu či komplikací, ale shrnutí rozsáhlých studií ukazuje, že riziko těhotenské ztráty je relativně nízké, kolem 0,5-1 %. V některých případech je doporučeno vyšetření včasné neinvazivní Prenascan (NIPT) s cílem získat co nejpřesnější informace o genetických vadách z krevního vzorku matky. Prenascan slibuje více než 99% přesnost avšak nenahrazuje potřebu invazivních vyšetření v situačním kontextu.
Infografika a vizualizace
Vysvětluje kroky od vzorku po klasifikaci variant včetně quality control a databázové integrace.
Ukazuje, jak se sleduje hloubka sekvenování a pokrytí cílových oblastí na >98 %.
Postup při invazivní prenatální diagnostice
Odběr plodové vody bývá prováděn tenkou jehlou přes břišní stěnu a je nejčastěji prováděn v období 16. až 21. týdne těhotenství. Výkon je ambulantní a je doprovázen ultrazvukovým dohledem. Odběr vody bývá doprovázen krátkou dobou rekonvalescence; po zákroku je doporučen klidový režim a sledování stavu ženy několik dále hodin. Nejčastější komplikace zahrnují riziko potratů, avšak podle rozsáhlých analýz je riziko nízké - asi do 0,1-1 % v závislosti na kontextu těhotenství a zkušenostech týmu.
Oddíly a databáze
ClinVar, Ensembl a HGVS nomenklatura jsou součástí standardizovaného popisu variant. Klinická interpretace vychází z diagnostických protokolů a mezinárodně akceptovaných guidelines, které zajišťují konzistenci klasifikace variant a komunikaci s pacienty. Průběžná aktualizace klasifikace podle nové verze databází je součástí standardní praxe.
